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  le blog de Bernard Giusti

Articles littéraires (romans, nouvelles, poésies, essais, sciences humaines) ) politiques et syndicaux

Bienvenue sur mon blog !

Publié le 24 Novembre 2022 par Bernard Giusti dans bernardgiusti

 

Bien que ce blog ait été créé il y a déjà plusieurs années, je n'ai jamais eu beaucoup de temps pour le garder à jour.

Je m'y suis attelé, et je l'étoffe petit à petit, à la fois avec des publications anciennes et avec de nouvelles publications dues notamment à des rencontres heureuses au fil des jours.

Le Blog va donc se développer peu à peu.

Merci de votre visite, et surtout, n'hésitez pas : abonnez-vous !

Bernard Giusti

 

Présentation :

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Petit résumé sur les classes sociales

Publié le 24 Novembre 2022 par Bernard Giusti dans Articles politiques et syndicaux

Petit résumé sur les classes sociales

« Les classes sociales sont un groupe social qui se reproduit de génération en génération, ce qui est à la source de l'inégalité sociale. Pour les marxistes, les classes sociales sont déterminées fondamentalement par leur position par rapport aux moyens de production (propriétaires ou dépossédés). »(1)

«… l'appartenance à la classe ouvrière est basée sur le fait que l'ouvrier ne possède que sa force de production à vendre, et le bourgeois est détenteur de moyens de productions. Le mode d'acquisition des richesses compte aussi (héritage, exploitation...). »(1)

« Le prolétariat est, selon Karl Marx notamment, la classe sociale opposée à la classe capitaliste. Elle est formée par les prolétaires, également désignés couramment comme travailleurs. Le prolétaire ne possède ni capital ni moyens de production et doit donc, pour subvenir à ses besoins, avoir recours au travail salarié. » (2) « Le prolétariat est l’ensemble des personnes obligées de vendre leur force de travail pour vivre, ne possédant pas de moyen de production. Par extension y sont aussi inclus ceux qui sont sans emploi (chômeurs), ceux qui en ont vécu (retraités) et ceux qui en vivront (jeunes de familles prolétaires). Dans notre société capitaliste, c'est la classe sociale dont les intérêts objectifs sont diamétralement opposés à ceux de la bourgeoisie, et qui seule est capable de le renverser. » (1)

 

Les principales classes sociales définissables sont :

 

 

1 - https://wikirouge.net/Classes_sociales

2 - https://fr.wikipedia.org/wiki/Prol%C3%A9tariat

 

(article réalisé pour le blog de la CGT Cochin)

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“La première famille connue de Néandertaliens” découverte dans une grotte de Russie

Publié le 4 Novembre 2022 par Bernard Giusti dans Anthropologie

“La première famille connue de Néandertaliens” découverte dans une grotte de Russie
C’est la première fois que sont mis en évidence de tels liens familiaux chez des Néandertaliens, une espèce du genre Homo disparue il y a environ 49 000 ans. Pour ce faire, les chercheurs apparenant à différentes nations (comme pour le projet iter sur le nucléaire civil) ont analysé l’ADN de onze individus prélevé dans des fragments d’os et de dents qui avaient été déterrés dans la grotte de Tchagyrka, en Sibérie. Que cette découverte ait lieu dans l’altaï russe témoigne une fois de plus de l’unité du destin de l’espèce et de notre planète commune et dans notre continent. Ces onze personnes auraient vécu à la même époque. Il s’avère que les éditions Delga m’ont confié la préface du manuel scolaire de l’Union soviétique sur les origines de l’espèce humaine et l’histoire antique, en le lisant j’ai retrouvé les joies éprouvées il y a bien longtemps, dans mes propres études, à cette conception de l’histoire qui unit le matérialisme historique de Marx et Engels à toutes les découvertes sur l’évolution de l’humanité, les méthodes qui ne se contentent plus des chroniques et des textes mais utilisent les découvertes anthropologiques et archéologiques, les datations des objets en laboratoire. En relisant ce manuel pour en rédiger la préface, je songeais à l’apport aujourd’hui de la génétique des populations et aux travaux qui ont porté sur les peuplements humains, les hybridations . Aujourd’hui, je découvre cette découverte de l’organisation sociale de Néanderthal -dont nous avons les gênes- me fait percevoir la continuité et les avancées depuis L’Origine de la famille, de la propriété privée et de l’État  un essai de Friedrich Engels publié en 1884 d’après les notes de Karl Marx sur les études anthropologiques des sociétés archaïques de Lewis Henry Morgan. livre auquel le manuel fait souvent référence. Engels se réfère aussi au livre Le Droit maternel de Johann Jakob Bachofen. OUI la révolution d’octobre a bien initié une autre civilisation, une autre conception de l’humain et celle-ci comme la taupe de l’histoire poursuit sur sa lancée, le passé y est promesse d’avenir. (note de danielle bleitrach pour histoireetsociete)

 

Un Néandertalien portant son enfant sur les épaules (représentation artistique).
Un Néandertalien portant son enfant sur les épaules (représentation artistique). PHOTO TOM BJORKLAND/REUTERS

 

“Grâce à l’analyse de fossiles trouvés dans une grotte en Russie, des scientifiques ont découvert la première famille connue de Néandertaliens : un père, une adolescente et d’autres individus qui étaient probablement des cousins proches”, rapporte le New York TimesLe quotidien américain se fait l’écho de l’étude parue le 19 octobre dans Nature, codirigée par Svante Pääbo, lauréat du prix Nobel 2022 de médecine.Il crée en 1997 un centre de recherche en paléogénétique au sein de l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutionniste. En mars 2010, son équipe annonce l’identification d’une nouvelle espèce d’hominidé à partir de matériel génétique, l’hominidé de Denisova. Il s’agit de la première identification d’une espèce humaine par le seul décodage d’ADN fossile. Son équipe publie aussi en 2010 la séquence ADN presque complète de Néandertal. Il montre aussi que 1 à 3 % d’ADN de Néandertal est encore présent aujourd’hui dans le génome d’une large part de l’humanité. Il est Docteur Honoris Causa de l’université de Galway en 2015. Il reçoit le Prix scientifique européen Körber en 2018.

 

Aperçu génétique de l’organisation sociale des Néandertaliens

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Nature volume 610, pages519–525 (2022)Citer cet article

Abstrait

Les analyses génomiques des Néandertaliens ont déjà fourni des informations sur l’histoire de leur population et leur relation avec les humains modernes.1,2,3,4,5,6,7,8, mais l’organisation sociale des communautés néandertaliennes reste mal comprise. Nous présentons ici les données génétiques de 13 Néandertaliens de deux sites du Paléolithique moyen dans les montagnes de l’Altaï au sud de la Sibérie: 11 de la grotte de Chagyrskaya9,10et 2 de la grotte d’Okladnikov11—ce qui en fait l’une des plus grandes études génétiques d’une population néandertalienne à ce jour. Nous avons utilisé la capture d’hybridation pour obtenir des données nucléaires à l’échelle du génome, ainsi que des séquences mitochondriales et du chromosome Y. Certains individus Chagyrskaya étaient étroitement liés, y compris une paire père-fille et une paire de parents au deuxième degré, ce qui indique qu’au moins certains des individus vivaient en même temps. Jusqu’à un tiers des génomes de ces individus avaient de longs segments d’homozygotie, ce qui suggère que les Néandertaliens Chagyrskaya faisaient partie d’une petite communauté. En outre, la diversité du chromosome Y est d’un ordre de grandeur inférieure à la diversité mitochondriale, un modèle que nous avons trouvé mieux expliqué par la migration féminine entre les communautés. Ainsi, les données génétiques présentées ici fournissent une documentation détaillée de l’organisation sociale d’une communauté néandertalienne isolée à l’extrême est de son aire de répartition connue.

Principal

Les Néandertaliens occupaient l’Eurasie occidentale il y a environ 430 000 ans8,12jusqu’à leur extinction il y a environ 40 000 ans13. Des données à l’échelle du génome ont été rapportées pour les restes squelettiques de 18 individus provenant de 14 sites archéologiques1,2,3,4,5,6,7,8couvrant l’histoire de Néandertal sur de grandes parties de leur aire de répartition géographique connue, qui s’étend aussi loin à l’est que les montagnes de l’Altaï dans le sud de la Sibérie. Ces données ont permis d’obtenir une vue d’ensemble des populations néandertaliennes, indiquant l’existence de multiples populations néandertaliennes distinctes au fil du temps et de l’espace.1,2,14.

Cependant, on sait peu de choses sur les relations génétiques et l’organisation sociale au sein et entre les communautés néandertaliennes dans n’importe quelle partie de l’Eurasie pendant cet intervalle de temps.

Par « organisation sociale », nous entendons la taille, la composition sexuelle et la cohésion spatio-temporelle d’une communauté15. Nous définissons une communauté comme un ensemble d’individus qui vivaient vraisemblablement ensemble au même endroit, et réservons le terme population à un ensemble de communautés largement connectées dans une zone géographique plus large.

Sur la base d’empreintes fossilisées16,17et les modèles spatiaux d’utilisation du site18, des études antérieures sur l’organisation sociale des communautés néandertaliennes ont suggéré que les Néandertaliens vivaient probablement dans de petites communautés. En outre, des séquences partielles d’ADN mitochondrial (ADNmt) de six Néandertaliens adultes ont été utilisées pour suggérer que les Néandertaliens pourraient avoir été patrilocaux19, bien que cette suggestion ait fait l’objet d’un débat20.

Nous explorons ici l’organisation sociale des Néandertaliens à l’aide de données nucléaires, chromosomiques Y et ADNmt provenant des restes de 13 individus récupérés sur 2 sites situés à proximité l’un de l’autre dans le sud de la Sibérie (Russie) – les grottes de Chagyrskaya et d’Okladnikov (Tableau1et Fig.1a).

Graphique 1
Fig. 1 : Sites néandertaliens et informations génomiques.

Tableau 1 Néandertaliens des grottes de Chagyrskaya et d’Okladnikov inclus dans cette étudeTable pleine grandeur

Sites archéologiques et vestiges

Les grottes de Chagyrskaya et d’Okladnikov, situées dans les contreforts des montagnes de l’Altaï (Fig.1aet Extended Data Figs.1 et2), auraient été utilisées principalement comme camps de chasse à court terme11,21. Ce sont deux des trois sites connus sur lesquels une industrie distincte du Paléolithique moyen de Sibiryachikha a été trouvée (le troisième étant la grotte supérieure de Sibiryachikha).9,10,22,23(Fig.1.6 supplémentaire). L’industrie de Sibiryachikha dans les grottes de Chagyrskaya et d’Okladnikov est distincte de l’industrie du Paléolithique moyen de la grotte de Denisova (située à environ 100 km à l’est), où des restes néandertaliens ont également été trouvés.2.

Les dépôts d’occupation néandertalienne de la grotte de Chagyrskaya se sont accumulés il y a entre 59 000 et 51 000 ans, comme l’indiquent la datation optique des sédiments et la datation au radiocarbone des os de bisons10. Nous avons obtenu des âges radiocarbone supplémentaires à partir de deux morceaux de charbon de bois et d’un os de Néandertal (Chagyrskaya 9), qui étaient tous plus vieux de 50 000 ans avant le présent (tableau supplémentaire1.3). Ces âges sont compatibles avec une courte période de dépôt (quelques millénaires ou moins), ce qui est cohérent avec la présence d’une industrie archéologique similaire dans toutes les couches néandertaliennes10(Données étendues Fig.2).

Pour la grotte d’Okladnikov, nous avons limité le moment de l’occupation néandertalienne en utilisant des âges radiocarbone à acide aminé unique à base d’hydroxyproline pour trois spécimens de Néandertal (y compris Okladnikov 15) (tableau 1 et tableau de données étendu 1), ce qui indiquait qu’ils avaient au moins 44 000 ans (tableau supplémentaire1.4). Nos estimations d’âge sont cohérentes avec les âges de la série d’uranium pour les os d’animaux et soutiennent les suggestions précédentes selon lesquelles les âges radiocarbone plus jeunes obtenus à partir de la fraction de collagène reflètent une élimination incomplète des contaminants24(Renseignements supplémentaires, section1). Par conséquent, les données archéologiques et chronologiques suggèrent que les Néandertaliens qui occupaient ces deux sites pourraient avoir été largement contemporains.

Des analyses antérieures des génomes à haute couverture d’un Néandertalien de la grotte de Chagyrskaya (Chagyrskaya 8) et d’un Néandertalien antérieur de la grotte de Denisova (Denisova 5, le « Néandertalien de l’Altaï ») ont révélé qu’ils appartenaient à des populations différentes5. Une progéniture de première génération (Denisova 11) d’une mère néandertalienne et d’un père dénisovien a révélé que la mère néandertalienne ressemblait plus à Chagyrskaya 8 qu’elle ne l’était aux autres Néandertaliens.5,25.

Acquisition des données et détermination du sexe

Nous avons échantillonné 1 à 64 mg de poudre dentaire ou osseuse provenant de 17 spécimens de la grotte de Chagyrskaya et de 10 spécimens de la grotte d’Okladnikov. Parmi ceux-ci, 15 de Chagyrskaya et 2 d’Okladnikov ont produit de l’ADN ancien (tableau 1, tableau dedonnées étendu 1 et données supplémentaires1), à partir desquels nous avons généré un total de 85 banques d’ADN simple brin (section2 des informations supplémentaires). Toutes les banques ont été enrichies pour les séquences d’ADNmt (section3 des renseignements supplémentaires) et 49 bibliothèques (sélectionnées pour les rendements élevés des séquences et les faibles niveaux de contamination humaine actuelle) ont été enrichies pour l’ADN nucléaire à l’aide d’un réseau de capture nucléaire nouvellement conçu contenant 643 472 polymorphismes de transversion à travers le génome (section5 des renseignements supplémentaires) ). Dans le tableau, 271 306 sites varient parmi les 4 individus archaïques à couverture élevée publiés (trois Néandertaliens et un Denisovan)2,3,5,14et 372 166 sites se séparent dans les populations africaines actuelles ou sont fixés entre les humains actuels et les hominidés archaïques. La couverture moyenne de l’ADN nucléaire pour chaque fossile varie de 0,04 à 12,3 fois (Fig.1b), et les estimations actuelles de la contamination humaine vont de 0,1 % à 3,2 % (tableau supplémentaire5.4).

Nous avons déterminé le sexe génétique des 17 restes en utilisant la différence de couverture entre le chromosome X et les autosomes (Fig.5.5 supplémentaire) et avons constaté que 6 restes provenaient de femelles. Pour les 11 restes mâles, nous avons enrichi les bibliothèques pour environ 6,9 mégabases (Mb) de séquence du chromosome Y.26(Renseignements supplémentaires, section 4), ce qui donne des couvertures allant de 0,02 à 42,2 fois (tableau supplémentaire4.3).

Identification des proches

Pour déterminer si l’un des restes provenait d’individus apparentés, nous avons calculé la divergence de l’ADN nucléaire entre les 17 restes en échantillonnant au hasard 1 allèle de 250 785 sites dans le réseau de capture qui étaient variables chez les individus archaïques à couverture élevée (à l’exclusion des variantes spécifiques à Chagyrskaya 8) (Informations supplémentaires section5 ). La divergence sera plus faible pour les individus apparentés parce qu’ils ont hérité de parties de leur génome des ancêtres qu’ils partagent dans un passé récent. Nous avons normalisé cette divergence (p0) par une divergence médiane de l’ADN entre toutes les comparaisons. Utilisation de cette approche27, nous pouvons détecter des relations jusqu’au deuxième degré; Nous considérons que tout ce qui va au-delà de cela n’a aucun rapport. Nous attendonsp0= 1 pour les restes qui sont plus éloignés que les parents au deuxième degré,p0= 0,875 pour les parents au deuxième degré,p0= 0,75 pour les parents au premier degré etp0= 0,5 pour les restes de jumeaux monozygotes ou du même individu27. Nous avons également étudié les hétéroplasmies d’ADNmt (c’est-à-dire lorsque les mitochondries portées par un individu diffèrent dans leur séquence d’ADN) (tableau supplémentaire3.2) pour identifier les relations génétiques étroites28. Comme les hétéroplasmies peuvent être transmises de la mère à l’enfant et persistent généralement pendant moins de trois générations29, leur présence dans des restes différents indiquerait qu’ils proviennent du même individu ou d’individus proches de la mère. Pour différencier les restes (c’est-à-dire entre les échantillons squelettiques et dentaires) et les individus, nous désignons les premiers par des chiffres et les seconds par des lettres (tableau1).

Nous avons trouvé une dent caduque (Chagyrskaya 19) et deux dents permanentes (Chagyrskaya 13 et Chagyrskaya 63). Étonnamment, malgré leurs différents stades de développement, les données génétiques suggèrent qu’ils appartenaient au même individu (Chagyrskaya G;p moyen0= 0,53) (données étendues fig.3a). En accord avec cela, les trois dents provenaient d’un mâle et portaient des ADNmt identiques, y compris une hétéroplasmie en position 3 961 à des fréquences similaires de 60,7 à 78,5% (tableau supplémentaire3.2). La racine presque complètement résorbée de la dent à feuilles caduques suggère qu’elle a été exfoliée naturellement (renseignements supplémentaires, section1). Sur la base des modèles d’usure et de développement racinaire, nous avons déduit que les dents permanentes provenaient d’un individu âgé de 9 à 15 ans et que cet homme est probablement mort à peu près au moment où la dent à feuilles caduques a été perdue.

Nous avons également identifié deux autres ensembles d’individus avec plusieurs fossiles: Chagyrskaya C est représenté à la fois par Chagyrskaya 6, une mandibule, et Chagyrskaya 14, une incisive permanente (section1 des informations supplémentaires), comme en témoignent l’ajustement morphologique, les séquences d’ADNmt identiques (y compris une hétéroplasie partagée) et la faible divergence nucléaire (p0= 0,65; intervalle de confiance à 95 %, 0,34–0,78) (Fig.1c, données étendues Fig.3aet tableaux supplémentaires3.2 et 7.1). De même, Chagyrskaya F est représenté à la fois par Chagyrskaya 12 et par le séquençage précédent5 Chagyrskaya 8 (p0= 0,46; intervalle de confiance à 95 %, 0,41 à 0,46) (tableau supplémentaire7.1).

Un homme adulte, Chagyrskaya D, était étroitement lié à plusieurs autres individus du groupe. Nous avons trouvé une relation au premier degré entre lui et Chagyrskaya H, qui est une adolescente (p0= 0,77; Intervalle de confiance à 95 %, 0,72–0,82). Il existe trois combinaisons hommes-femmes possibles pour les parents au premier degré : mère-fils, frère-sœur ou père-fille. Cependant, puisque les deux individus portent des génomes mitochondriaux différents (Fig.1c), nous avons conclu que Chagyrskaya H était la fille de Chagyrskaya D.

De plus, son ADNmt était identique à celui de deux autres mâles, Chagyrskaya C et Chagyrskaya E (tableau supplémentaire3.2), y compris une hétéroplasmie d’ADNmt partagée en position 545 (G>A) avec une fréquence de A de 42 à 54 % pour Chagyrskaya D, de 20 à 41 % pour Chagyrskaya E et de 23 à 30 % pour Chagyrskaya C. Par conséquent, ces personnes étaient probablement des parents maternels proches (par exemple, ils auraient pu partager une grand-mère et donc avoir été des parents au quatrième degré). Cependant, l’étendue de la relation entre Chagyrskaya C et Chagyrskaya D dépasse la résolution de notre approche (p0= 1,05; Intervalle de confiance à 95 %, 0,94–1,16). Chagyrskaya E a une faible couverture (tableau supplémentaire 5.4) et des quantités élevées de contamination humaine et non humaine (tableau supplémentaire5.3). Après correction de la contamination non humaine (tableau supplémentaire7.1), nous avons identifié Chagyrskaya E comme un parent au premier degré ou identique à Chagyrskaya D (p0= 0,64; Intervalle de confiance à 95 %, 0,48 à 0,79). Comme nous ne pouvons pas être sûrs que Chagyrskaya E est un individu distinct, nous avons retiré l’échantillon d’une analyse plus approfondie.

Les relations étroites entre Chagyrskaya C, D et H impliquent qu’ils étaient contemporains. De plus, nous avons constaté que Chagyrskaya A (homme) et L (femme) sont des parents au deuxième degré (p0= 0,85; Intervalle de confiance à 95 %, 0,77 à 0,91). Bien que les données éparses nous aient empêchés de déterminer la relation exacte, elles doivent également avoir vécu près dans le temps (données étendues Fig.3b). La divergence génétique entre chaque groupe d’individus contemporains et les six autres individus Chagyrskaya n’était pas significativement différente les unes des autres (test de somme de rang de Wilcoxon, tous deuxP> 0,26) (tableau supplémentaire7.4). En outre, la paire père-fille contemporaine présentait le plus grand nombre de différences parmi toutes les séquences d’ADNmt, ce qui implique qu’il n’y avait pas de structure temporelle substantielle dans la diversité de l’ADNmt. Prises ensemble, les données ont soutenu l’hypothèse selon laquelle les onze Néandertaliens Chagyrskaya faisaient partie de la même communauté.

Les deux restes d’Okladnikov n’étaient pas liés l’un à l’autre (p0= 1,14; intervalle de confiance à 95%, 0,90-1,38) et non plus lié à un individu de la grotte de Chagyrskaya. En fait, la divergence génétique par paires entre les individus Chagyrskaya était plus faible (p0= 1,0; Intervalle de confiance de 95 %, 0,99–1,02) que celui entre les individus des grottes de Chagyrskaya et d’Okladnikov (p0= 1,06; Test de somme de rang de Wilcoxon, P = 8,6 × 10−5) (données étendues fig. 3aet tableau supplémentaire7.3). Cela indique que les Néandertaliens de l’Okladnikov ne faisaient pas partie de la communauté néandertalienne Chagyrskaya représentée par les 11 individus pour lesquels nous avons obtenu de l’ADN. Cependant, l’ADNmt d’Okladnikov B est identique à celui de Chagyrskaya G (Fig.1c). Étant donné que les mutations s’accumulent au fil du temps, l’ADN mt identique entre les individus implique que ces deux individus ont vécu à quelques milliers d’années l’un de l’autre (tableau supplémentaire3.9). En outre, parmi les échantillons d’ADNmt de sédiments précédemment publiés dans la grotte de Chagyrskaya, 2 des 38 échantillons ressemblaient davantage à Okladnikov A qu’à n’importe quel Néandertalien de Chagyrskaya.30. Cela suggère qu’il y avait un certain lien entre les communautés occupant les deux grottes.

Relations avec d’autres populations

Pour explorer comment les individus de Chagyrskaya et d’Okladnikov sont liés aux autres Néandertaliens, nous avons étudié dans quelle mesure ils partagent des variantes nucléotidiques avec les génomes néandertaliens de haute qualité précédemment publiés. Les 13 individus nouvellement séquencés partageaient la plupart des variantes avec le génome à haute couverture de la grotte de Chagyrskaya (Chagyrskaya 8)5et ressemblaient davantage au génome néandertalien vieux d’environ 50 000 ans de la grotte de Vindija (Vindija 33.19)3en Croatie qu’à l’Altaï Néandertal (Denisova 5), vieux de 91 000 à 130 000 ans, de la grotte de Denisova2(données étendues fig.4). Par conséquent, bien que les communautés des grottes de Chagyrskaya et d’Okladnikov soient génétiquement distinctes, elles semblent toutes également apparentées aux Néandertaliens européens et faisaient partie de la même population néandertalienne; aucun individu n’a montré de preuve de flux génétique récent provenant d’autres populations néandertaliennes.

Nous avons identifié 5 416 variantes dans la séquence de 6,9 Mb du chromosome Y qui variaient entre les chromosomes Y des sept individus masculins, trois Néandertaliens, deux Denisovans et quatre humains actuels (tableau supplémentaire4.7). Pour trois individus, nous n’avons obtenu que des séquences de faible couverture (0,03 à 0,3 fois), tandis que les quatre autres individus ont donné des couvertures plus élevées (1,75 à 42,2 fois) (tableau supplémentaire4.3).

Nous avons construit un arbre phylogénétique qui incorporait les quatre séquences du chromosome Y à couverture plus élevée de la grotte Chagyrskaya, ainsi que celles de trois autres Néandertaliens, deux Denisovans et quatre humains actuels (Fig.1det Tableau supplémentaire4.7). Chez les Néandertaliens, les quatre séquences de Chagyrskaya forment un clade, mais elles ressemblent davantage à El Sidrón 1253 (Espagne) qu’à Mezmaiskaya 2, géographiquement plus proche (Caucase du Nord, Russie) (Fig.1d). Cette absence de structure géographique est compatible avec une expansion assez rapide des Néandertaliens il y a environ 100 000 à 115 000 ans.30. Les Néandertaliens européens tardifs et les Néandertaliens Chagyrskaya et Okladnikov sont les descendants de cette population.

Le nombre de séquences du chromosome Y récupérées chez les trois individus restants n’était pas suffisant pour construire un arbre phylogénétique, mais à des positions où les chromosomes Y de Néandertal différaient les uns des autres, les trois séquences partageaient plus de variantes dérivées avec les autres chromosomes Y de Chagyrskaya qu’avec d’autres chromosomes Y de Néandertal (tableau supplémentaire4.9).

Sur la base des différences de couverture dans les fenêtres de 10 kilobases (kb), nous avons détecté 3 délétions et 5 duplications (20-2 000 kb et 10-200 kb en taille, respectivement) (tableau supplémentaire4.4) sur les chromosomes Y de Néandertal. La délétion la plus importante a été trouvée dans Mezmaiskaya 2 et couvre le gène codant pour AMELY. Parce que les approches protéomiques utilisent la présence de peptides AMELY pour déterminer si un os provient d’un individu masculin31, les hommes qui portent cette suppression seraient classés à tort comme des femmes en utilisant cette approche (données étendues Fig.5).

L’ADNmt et les chromosomes Y ne suivent que des loci uniques, de sorte que des analyses génétiques autosomiques sont nécessaires pour étudier les détails du flux génétique. Le flux génétique entre les Néandertaliens et les Denisovans dans les montagnes de l’Altaï a été observé dans le génome nucléaire d’un individu (Denisova 11) qui vivait il y a 79 000 à 118 000 ans et avait une mère néandertalienne et un père dénisovien.32. Il a également été estimé que la quantité d’ascendance Denisovan dans Chagyrskaya 8 est d’environ 0,09% et que l’événement de mélange s’est produit 24 300 ± 14 100 ans avant que Chagyrskaya 8 ne vive33. Pour déterminer si le moment du mélange est cohérent chez les autres individus Chagyrskaya, nous avons recherché des parties de leurs génomes qui ressemblent davantage au génome de Denisova qu’aux Néandertaliens de l’Altaï ou de Vindija.33. Avec cette analyse, nous avons identifié 11 segments d’ascendance dénisovienne chez 5 individus Chagyrskaya qui mesurent plus de 0,2 centimorgans (cM) (tableau supplémentaire6.2). Ces segments couvrent 3,2 cM (2,7 Mb), le plus long à 1,5 cM (746 kb) se trouvant dans Chagyrskaya A (Fig.6.2 supplémentaire). Sur la base de la longueur de ces segments, nous estimons que l’événement de mélange s’est produit 30 000 ± 18 000 ans avant la vie des individus Chagyrskaya, ce qui est cohérent avec l’estimation précédente (Fig.6.3 supplémentaire).

La grotte de Denisova était occupée à la fois par les Néandertaliens et les Denisovans à peu près au même moment où les Néandertaliens habitaient la grotte de Chagyrskaya34,35. Cependant, l’industrie des artefacts en pierre de la grotte de Denisova n’a pas les caractéristiques de la variante Sibiryachikha trouvée dans la grotte de Chagyrskaya10. En conséquence, malgré la proximité des deux grottes et la présence d’une progéniture d’une mère néandertalienne et d’un père dénisovien dans la grotte de Denisova quelques dizaines de millénaires avant l’occupation de la grotte de Chagyrskaya25, nous ne trouvons aucune preuve de flux génétique des Dénisoviens vers les Néandertaliens Chagyrskaya au cours des 20 000 dernières années avant la vie des individus Chagyrskaya (section6 des informations supplémentaires).

Inférer l’organisation sociale

Nous avons étudié la communauté et la taille de la population des Néandertaliens Chagyrskaya au fil du temps en utilisant des segments génomiques d’homozygotie de 8 individus (ceux ayant une couverture génomique supérieure à 0,9 fois) (section9 des informations supplémentaires). De longs segments d’homozygotie (supérieurs à 10 cM) chez un individu impliquent que leurs parents partageaient un ancêtre commun très récent il y a une dizaine de générations et faisaient donc probablement partie d’une petite communauté.5,36. En outre, la proportion globale du génome avec des segments de longueur intermédiaire d’homozygotie (2,5–10 cM) est informative de la taille de la population sur une période légèrement plus longue (environ 10–40 générations).

Des analyses antérieures de génomes néandertaliens à couverture élevée des montagnes de l’Altaï ont révélé qu’environ 16,7% du génome de Denisova 5 (réf.2) et 19,3 % du génome de Chagyrskaya 8 (réf.5) présentaient des segments intermédiaires et longs d’homozygotie. Une explication de ces tendances est que leurs parents étaient des parents au deuxième degré.2dans un contexte d’individus non apparentés, auquel cas nous nous attendrions à ce que la plupart des autres individus aient moins de segments homozygotes. Alternativement, ces données pourraient être dues à de petites communautés locales5, auquel cas tous les individus, à l’exception des immigrants récents et de leurs descendants, auraient des segments étendus d’homozygotie.

Chez les 8 individus ayant une couverture suffisante, nous avons observé que 1,6 à 14,9% du génome avait de longs segments d’homozygotie et 9,5 à 20,5% avaient des segments intermédiaires d’homozygotie (Fig.2aet tableau supplémentaire9.2). Nous notons que les deux proportions étaient probablement sous-estimées en raison des difficultés à identifier les séries d’homozygotie à des couvertures plus faibles (tableau supplémentaire9.1). Parce que nous trouvons de grandes quantités d’homozygotie chez tous les individus, nous concluons que la taille de la communauté locale des Néandertaliens Chagyrskaya était petite. La quantité d’homozygotie est également similaire à la quantité trouvée dans les génomes des gorilles de montagne actuels.37(Fig.2b), une espèce en voie de disparition qui vit dans de petites communautés de 4 à 20 individus38, dans lequel il a été observé que les accouplements entre individus apparentés au deuxième degré sont rares39.

Graphique 2
Fig. 2: Diversité génomique des Néandertaliens Chagyrskaya par rapport aux autres hominidés.

Pour approfondir l’organisation sociale des Néandertaliens Chagyrskaya, nous avons comparé la diversité des 11 séquences d’ADNmt héritées par la mère avec les 6 séquences du chromosome Y héritées par le père. Dans une population d’accouplement aléatoire sans processus fondés sur le sexe, le temps de coalescence moyen devrait être le même pour les deux marqueurs uniparentaux. Cependant, le temps de coalescence moyen observé pour le chromosome Y (446 ans ; intervalle de confiance à 95 %, 113–1 116 ans) est significativement inférieur à celui du génome mitochondrial (4 348 ans ; intervalle de confiance à 95 %, 2 043–6 196 ans ; Test de somme de rang de Wilcoxon, P = 4,1 × 10–5). En comparaison avec 47 populations humaines modernes et 10 sous-espèces de grands singes, les Néandertaliens Chagyrskaya ont parmi les ratios les plus bas du temps de coalescence du chromosome Y à l’ADNmt, seuls les gorilles de montagne ayant un rapport plus extrême (Extended Data Fig.6). Nous avertissons que des ratios similaires entre les singes et les Néandertaliens ne signifient pas nécessairement que les communautés ont la même organisation sociale, car il y a de multiples mises en garde. Premièrement, les données sur les grands singes sont très hétérogènes — par exemple, bien que certains grands singes soient nés à l’état sauvage, d’autres sont nés en captivité (c’est-à-dire dans des communautés artificielles) et souvent la taille des échantillons était très petite (tableau supplémentaire8.1). Deuxièmement, plusieurs scénarios différents peuvent conduire à des rapports chromosome-chromosome-mt-ADNmt similaires. Il s’agit notamment des différences dans les générations masculines et féminines, d’une répartition asymétrique de la progéniture chez les hommes (c’est-à-dire qu’un sous-ensemble d’hommes engendre la majorité des enfants) et d’une migration biaisée par les femmes. Pour tester l’importance relative de ces processus, nous avons simulé un grand nombre de combinaisons de ces scénarios, en tenant compte de la diversité des chromosomes Y et de l’ADNmt et de leur rapport aux données observées (section8 des informations supplémentaires). Nous avons approximé la probabilité de chaque scénario en utilisant des simulations comme proportion d’ensembles de données simulés qui se situent dans les intervalles de confiance à 95 % des données observées. Nous avons ensuite utilisé le critère d’information d’Akaike (AIC) pour classer différents scénarios (tableau supplémentaire8.5).

Les scénarios les mieux adaptés (ICE = 6,2) supposaient une collectivité de 20 personnes, 60 à 100 % des femmes étant des migrantes d’une autre collectivité (tableau supplémentaire8.4). Cependant, l’hétéroplasmie partagée entre Chagyrskaya C et Chagyrskaya D suggère qu’au moins certaines femelles sont restées dans le groupe dans lequel elles sont nées. Les scénarios qui ne comprennent que des distributions de progéniture asymétriques expliquent moins bien les données (AIC = 7,4) et nécessitent une grande taille de communauté de 300 individus. Les scénarios avec à la fois des distributions de progéniture asymétriques et des migrations femelles n’améliorent pas l’ajustement (AIC = 8,5) obtenu en supposant uniquement un biais de migration. Les scénarios qui ne comprennent que des différences dans le temps de génération correspondent mal aux données (ICE = 8,5) et nécessitent des paramètres qui semblent irréalistes (par exemple, les femmes devraient être en moyenne deux fois plus âgées que les hommes, tableau supplémentaire8.4). Les estimations précédentes de la taille des communautés néandertaliennes varient de 3 à 60 individus5,16,17,19et, dans cette fourchette, les scénarios les mieux adaptés incluent la migration des femmes (figure supplémentaire 8.4). Ce résultat suggère que la migration biaisée par les femmes a été un facteur majeur dans l’organisation sociale de la communauté néandertalienne Chagyrskaya.

Conclusion

Nous présentons les données génétiques de 13 Néandertaliens, ce qui en fait l’une des plus grandes études génétiques d’une population néandertalienne. Pour la première fois, à notre connaissance, nous documentons les relations familiales entre les Néandertaliens, y compris un couple père-fille.

Le degré élevé d’homozygotie chez tous les individus est similaire à ce que l’on observe chez les gorilles de montagne.40, ce qui correspond aux Néandertaliens de l’Altaï vivant dans de petites communautés. De plus, sur la base du temps de coalescence moyen plus court pour les chromosomes Y que pour l’ADNmt et des variantes d’ADNmt partagées entre les individus de Chagyrskaya et d’Okladnikov, nous suggérons que ces petites communautés néandertaliennes étaient principalement liées par la migration féminine.

Nos résultats soulèvent des questions quant à savoir si les caractéristiques des communautés de l’Altaï sont liées à leur situation géographique isolée à l’extrémité orientale de l’aire de répartition connue des Néandertaliens (en particulier parce que la taille de la population de la grotte de Vindija était probablement plus grande).5), ou s’ils sont caractéristiques des communautés néandertaliennes en général.

Les études futures devraient donc, lorsque cela est possible, viser à échantillonner plusieurs individus de communautés néandertaliennes supplémentaires dans d’autres parties de l’Eurasie pour éclairer davantage l’organisation sociale de nos plus proches parents évolutionnaires.

Méthode

Aucune méthode statistique n’a été utilisée pour prédéterminer la taille de l’échantillon. Les expériences n’ont pas été randomisées et les chercheurs n’ont pas été mis en aveugle lors de l’attribution pendant les expériences et l’évaluation des résultats. Une description détaillée de toutes les analyses effectuées dans le cadre de cette étude est incluse dans lesrenseignements supplémentaires. L’autorisation de travailler sur les spécimens archéologiques a été accordée sur la base d’un accord écrit de coopération scientifique signé en 2018 par l’Institut fédéral d’archéologie et d’ethnographie, la branche sibérienne de l’Académie des sciences de Russie et l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutive.

Résumé des rapports

De plus amples renseignements sur la conception de la recherche sont disponibles dans leRésumé des rapports de recherchesur la nature lié à cet article.

Disponibilité des données

Les données brutes de chaque bibliothèque sont disponibles dans les Archives européennes des nucléotides sous le numérod’acquisition PRJEB55327. Les fichiers BAM cartographiés pour tous les spécimens et individus, les fichiers VCF, les séquences d’ADNmt FASTA de consensus et un alignement multiple de tous les ADNmt peuvent être téléchargés à partir dehttp://ftp.eva.mpg.de/neandertal/ChagyrskayaOkladnikov/.

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Remerciements

Nous remercions D. Lucas et C. Logan pour leurs commentaires sur une version antérieure du manuscrit; H. Temming pour la réalisation de tomodensitométries; S. Sawyer et J. Krause, qui ont foré les os de Chagyrskaya 2 et Chagyrskaya 6; R. Schultz pour avoir aidé à récupérer les photographies numériques des échantillons et à télécharger les fichiers de données primaires. V.S. a été financé par la bourse Alon, M.H. a été financé par Marie Skłodowska Curie Action (MSCA-IF-EF-ST LIF, « ORIGIN » no. 844014), S.T. a été financé par le Conseil européen de la recherche Horizon 2020 Programme de recherche et d’innovation subvention « RESOLUTION » (n ° 803147), K.D. a été financé par le Conseil européen de la recherche Horizon 2020 Programme de recherche et d’innovation subvention « FINDER » (n ° 715069), R.G.R. a été financé par la bourse FL130100116 du Conseil australien de la recherche, T.H. a été financé par le Conseil européen de la recherche Septième programme-cadre (FP7/2007-2013) subvention 324139 « PalaeoChron », K.A.K. a été financé par la Fondation russe pour la science, le projet N 21-18-00376, M.T.K. a été financé par le Centre national des sciences, Pologne, subvention 2018/29/B/ST10/00906, B.V. a été financé par le Conseil de recherches en sciences humaines, Canada, subvention Savoir 435-2018-0943. Ce projet a été financé par le Conseil européen de la recherche (convention de subvention n° 694707 à S. Pääbo).

Financement

Financement en libre accès fourni par la Société Max Planck.

Informations sur l’auteur

Auteurs et affiliations
  1. Département de génétique évolutive, Institut Max Planck d’anthropologie évolutionniste, Leipzig, AllemagneLaurits Skov, Stéphane Peyrégne, Divyaratan Popli, Leonardo N. M. Iasi, Viviane Slon, Elena I. Zavala, Mateja Hajdinjak, Arev P. Sümer, Steffi Grote, Alba Bossoms Mesa, David López Herráez, Birgit Nickel, Sarah Nagel, Julia Richter, Elena Essel, Marie Gansauge, Anna Schmidt, Petra Korlević, Janet Kelso, Matthias Meyer, Svante Pääbo & Benjamin M. Peter
  2. Centre européen de recherche et d’enseignement en géosciences de l’environnement (CEREGE), Aix-Marseille Université, CNRS, IRD, INRAE, Collège de France, Aix-en-Provence, FranceThibaut Devièse
  3. Département d’anatomie et d’anthropologie Sackler, Faculté de médecine, Université de Tel Aviv, Tel Aviv, IsraëlViviane Slon
  4. Le Centre Dan David pour l’évolution humaine et la recherche en biohistoire, Université de Tel Aviv, Tel Aviv, IsraëlViviane Slon
  5. Département de génétique moléculaire humaine et de biochimie, Faculté de médecine Sackler, Université de Tel Aviv, Tel Aviv, IsraëlViviane Slon
  6. The Francis Crick Institute, Londres, Royaume-UniMateja Hajdinjak
  7. Wellcome Sanger Institute, Hinxton, Royaume-UniPetra Korlević
  8. Oxford Radiocarbon Accelerator Unit, Laboratoire de recherche pour l’archéologie et l’histoire de l’art, Université d’Oxford, Oxford, Royaume-UniDaniel Comeskey
  9. Institut d’archéologie et d’ethnographie, Académie des sciences de Russie, Novossibirsk, RussieAnatoly P. Derevianko, Aliona Kharevich, Sergey V. Markin, Andrey I. Krivoshapkin & Kseniya A. Kolobova
  10. Département de chimie G. Ciamician, Alma Mater Studiorum, Université de Bologne, Bologne, ItalieSahra Talamo
  11. Département de l’évolution humaine, Institut Max Planck d’anthropologie évolutionniste, Leipzig, AllemagneSahra Talamo
  12. Département d’anthropologie évolutionniste, Faculté des sciences de la vie, Université de Vienne, Vienne, AutricheKaterina Douka et Thomas Higham
  13. Département d’archéologie, Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine, Iéna, AllemagneKaterina Douka
  14. Évolution humaine et sciences archéologiques Forschungsverbund, Université de Vienne, Vienne, AutricheKaterina Douka et Thomas Higham
  15. Institut des sciences géologiques, Académie polonaise des sciences, Varsovie, PologneMaciej T. Krajcarz
  16. Centre for Archaeological Science, School of Earth, Atmospheric and Life Sciences, Université de Wollongong, Wollongong, Nouvelle-Galles du Sud, AustralieRichard G. Roberts
  17. Australian Research Council (ARC) Centre of Excellence for Australian Biodiversity and Heritage, Université de Wollongong, Wollongong, Nouvelle-Galles du Sud, AustralieRichard G. Roberts
  18. Département d’anthropologie, Université de Toronto, Toronto, Ontario, CanadaBence Alto
Contributions

L.S., S. Pääbo et B.M.P. ont conçu l’étude. A.P.D., A.K., S.V.M., A.I.K. et K.A.K. ont recueilli des échantillons. T.D., V.S., M.H., B.N., S.N., J.R., E.E., M.G., A.S., P.K., D.C., S.T., T.H. et B.V. ont effectué des expériences et/ou des analyses en laboratoire. L.S., S. Peyrégne, D.P., L.N.M.I., T.D., V.S., E.I.Z., M.H., A.P.S., S.G., A.B.M., D.H.L., D.C., A.P.D., A.K., S.V.M., S.T., K.D., M.T.K., R.G.R., T.H., B.V., A.I.K., K.A.K. et B.M.P. ont effectué des analyses. L.S., S. Peyrégne, D.P., L.N.M.I., T.D., V.S., E.I.Z., M.H., A.P.S., A.B.M., D.H.L., S.T., K.D., M.T.K., R.G.R., T.H., B.V., A.I.K., K.A.K., J.K., M.M., S. Pääbo et B.M.P. ont écrit le manuscrit avec la contribution de tous les auteurs. A.P.D., A.K., S.V.M., K.D., M.T.K., R.G.R., T.H., B.V., A.I.K. et K.A.K. ont fourni un contexte et une interprétation archéologiques, stratigraphiques et géochronologiques.

Auteurs correspondants

Correspondance avecLaurits SkovouBenjamin M. Peter.

Déclarations éthiques

Conflits d’intérêts

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

Examen par les pairs

Renseignements sur l’examen par les pairs

Natureremercie Krishna Veeramah, Katharine MacDonald et les autres examinateurs anonymes pour leur contribution à l’examen par les pairs de ce travail. Les rapports des pairs examinateurssont disponibles.

Informations complémentaires

Note de l’éditeur Springer Nature reste neutre en ce qui concerne les revendications juridictionnelles dans les cartes publiées et les affiliations institutionnelles.

Figures et tableaux de données étendus

A, Carte de localisation des grottes de Chagyrskaya et d’Okladnikov dans la région de l’Altaï au sud de la Sibérie. Vue sur leB, entrée nord de la grotte Chagyrskaya etC, entrée sud de la grotte Okladnikov.

A, Distribution spatiale des restes néandertaliens. La zone excavée est représentée en gris et la ligne bleue (transect A-B) marque la position du profil stratigraphique indiqué enB. Les carrés colorés et les ellipses désignent des restes de Néandertal situés avec des coordonnées exactes ou dans les zones circonscrites, respectivement, et sont annotés avec le(s) numéro(s) fossile(s) correspondant(s). B, profil stratigraphique le long du transect A–B dansA. Les emplacements des restes de Néandertal sont projetés orthogonalement sur ce profil, de sorte que chaque fossile n’est pas nécessairement représenté dans l’unité stratigraphique à partir de laquelle il a été récupéré.

A, Les points montrent les différences moyennes par paires (axe des y) entre deux restes (normalisées par la différence médiane entre toutes les paires de restes). Les restes qui ont été identifiés comme des parents identiques, au premier degré et au deuxième degré sont nommés (l’axe des x montre le premier fossile et le nombre indique le second reste). Les barres d’erreur sont des intervalles de confiance à 95 % pour 100 estimations bootstrap des différences moyennes par paires. Les lignes horizontales indiquent la différence normalisée attendue pour les personnes identiques, les relations au premier degré, les relations au deuxième degré et les personnes non apparentées.27B, Chaque cercle/carré représente un individu (bleu pour Chagyrskaya, orange pour Okladnikov) et les petits cercles blancs indiquent quels restes proviennent de cet individu. Le cercle noir pourChagyrskaya 8indique que la séquence génomique de cet os a déjà été publiée. Les carrés indiquent que l’individu est un homme et les cercles indiquent que l’individu est une femme. Les individus qui sont des parents au premier degré, des parents au deuxième degré ou qui partagent des hétéroplasmies sont marqués.

Le centre de la barre d’erreur montre la statistique D de la formeD((Denisova 5/Vindija33.19),Chagyrskaya 8; Test, Chimpanzé) et les barres d’erreur sont les intervalles de confiance à 95 % correspondants calculés pour 643 472 SNP à l’aide d’un jackknife de bloc pondéré et d’une taille de bloc de 5 Mo. Points avec | Score Z| > 2 sont annotées d’un astérisque. La ligne verticale pointillée est à D = 0. Notez que Chagyrskaya F est le même individu queChagyrskaya 8etVindijaG1est le même individu queVindija 33.19.

Délétion de 1,8 Mo de séquence sur le chromosome Y deMezmaiskaya 2 (panneau inférieur, gris clair) par rapport àChagyrskaya D (panneau supérieur, pas de délétion). L’axe horizontal montre la position génomique sur le chromosome Y et l’axe vertical montre la couverture en bins de 10 kb, normalisée par la couverture moyenne à l’échelle du chromosome. Les couleurs des bacs indiquent les classes de régions sur le chromosome Y de référence humain, les régions plus foncées indiquant la couverture par le réseau de capture du chromosome Y. Les barres noires indiquent des gènes codants connus.

Les cercles noirs indiquent les estimations moyennes pour chaque population et les barres d’erreur sont les intervalles de confiance correspondants à 95 % en utilisant 100 itérations bootstrap. Les valeurs négatives indiquent une diversité du chromosome Y inférieure à celle de l’ADN mitochondrial (mt).Tableau de données étendu 1 Restes de Néandertal provenant des grottes de Chagyrskaya et d’Okladnikov inclus dans cette étude pour analyse de l’ADN ou14Rencontres CTable pleine grandeur

Renseignements supplémentaires

Une description détaillée de toutes les analyses effectuées dans le cadre de cette étude est fournie dans les sections 1 à 10 des renseignements supplémentaires, les figures supplémentaires 1 à 42, les tableaux supplémentaires 1 à 44 et les références supplémentaires.

Toutes les informations sur le séquençage des bibliothèques, y compris le traitement et la complexité des bibliothèques et les estimations de contamination.

Libre accès Cet article est sous licence Creative Commons Attribution 4.0 International, qui autorise l’utilisation, le partage, l’adaptation, la distribution et la reproduction sur tout support ou format, à condition que vous donniez le crédit approprié au(x) auteur(s) original(s) et à la source, fournissez un lien vers la licence Creative Commons et indiquez si des modifications ont été apportées. Les images ou autres éléments de tiers contenus dans cet article sont inclus dans la licence Creative Commons de l’article, sauf indication contraire dans une ligne de crédit du matériel. Si le matériel n’est pas inclus dans la licence Creative Commons de l’article et que votre utilisation prévue n’est pas autorisée par la réglementation légale ou dépasse l’utilisation autorisée, vous devrez obtenir l’autorisation directement du détenteur des droits d’auteur. Pour afficher une copie de cette licence, visitezhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.

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Skov, L., Peyrégne, S., Popli, D.et al. Aperçu génétique de l’organisation sociale des Néandertaliens. Nature610, 519-525 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-05283-y

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  • Reçu21 février 2022
  • Accepté26 août 2022
  • Publié19 octobre 2022
  • Date d’émission20 octobre 2022
  • Doihttps://doi.org/10.1038/s41586-022-05283-y
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Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022

Publié le 25 Août 2022 par Bernard Giusti dans bernardgiusti, Photos

Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022

La dispersion des cendres de ma compagne Pascale a eu lieu le lundi 22 août 2022,en petit comité (une vingtaine de personnes), dans la forêt d'Allogny.

Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022

[ petit discours (reconstitué) de Bernard Giusti ]

Aurélien m’a demandé de parler aussi en son nom.

Je vous remercie tous d’être ici. C’est vrai que tous vous connaissiez Pascale depuis plus longtemps que moi, mais ce que nous avons vécu ensemble durant 11 ans a été très intense.

Aujourd’hui nous avons choisi [pour disperser les cendres de Pascale] la forêt d’Allogny parce que c’est une forêt qu’elle aimait beaucoup. Elle aimait les arbres, la nature, elle aimait ses odeurs, elle aimait regarder le ciel à travers les frondaisons… [Elle y retrouvait une certaine sérénité et y invitait souvent ses proches et ses amis.]

Je pense que c’est important aussi que finalement ses cendres se mélangent [non seulement] à cette forêt qu’elle aimait mais aussi à ce pays qui était vraiment son pays, le Berry ; c’était son histoire [et l’histoire] de sa famille, c’était ses racines, et donc je pense que c’est bien que ses cendres se mélangent à cette terre qu’elle a tellement aimée.

Voilà… Je n’avais rien préparé, donc ce sera très court, et c’est aussi bien…

Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022

Pour celles et ceux qui désireraient lui rendre un ultime hommage, coordonnées du lieu où se trouvent les cendres de Pascale :

Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022

Si parmi les personnes présentes certaines ont pris d'autres photos, qu'elles n'hésitent pas à me les envoyer afin que je les ajoute (bernard.giusti@wanadoo.fr ). Merci par avance.

Dispersion des cendres de Pascale Cherrier, 22 août 2022
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Génome humain : les 8 % qui changent tout

Publié le 25 Août 2022 par Bernard Giusti dans Entretiens, sciences humaines

Génome humain : les 8 % qui changent tout
Interview de Jean Weissenbach* par Anna Musso

 

Il y a vingt ans, 92 % du génome humain était décodé. Un consortium de plus de cent scientifiques vient de réussir à décoder les 8 % restants, établissant ainsi la carte ­complète du génome humain. Ces travaux ont fait l’objet de plusieurs publications et commentaires fin mars dans diverses revues, dont Science. Le pionnier français de ­l’exploration du génome humain en parle.

 Interview de Jean Weissenbach, parue dans l’Humanité du 12 avril 2022. Nous la reproduisons avec leur aimable autorisation, Propos recueillis par Anna Musso, journaliste scientifique

*Jean Weissenbach, médaille d’or 2008 du CNRS, directeur de recherche au CNRS et ancien directeur du Genoscope-Centre national de séquençage à Évry, rattaché au Commissariat à l’énergie atomique

Anna Musso : En tant que pionnier biologiste et généticien, quel regard portez-vous sur ces nouveaux travaux qui permettent d’accéder au premier séquençage complet d’un génome humain ?

Jean Weissenbach : Un monde sépare ce qu’on peut faire aujourd’hui de ce qui se faisait il y a vingt ans, et même plus récemment. Il y a vingt ans, nous considérions ceci comme du détail : c’était avant tout de l’ADN répétitif, qui ne devait pas réserver de grosses surprises ; or ce n’est pas tout à fait le cas. Cela dit la portée de tout cela reste difficile à estimer et beaucoup des choses vues étaient attendues. D’une manière générale, ces 200 millions de bases supplémentaires vont faire l’objet de commentaires nombreux et alimenter toutes sortes d’hypothèses et de spéculations. Ce travail, véritable tour de force expérimental et informatique, permet de répondre à certaines questions qui sont à l’origine du projet, mais il va générer encore plus de questions et d’interrogations. Ce qui est toujours excitant en science.

Un monde sépare ce qu’on peut faire aujourd’hui de ce qui se faisait il y a vingt ans, et même plus récemment. Il y a vingt ans, nous considérions ceci comme du détail.

A.M. : Quelles sont les technologies qui ont pu faciliter sa mise à nu ?

J.W. : Nous entrons dans les technologies de séquençage de 3e génération, qui permettent de lire des séquences sur des longueurs considérables : 10 000 à 20 000 bases, voire plus, même si ces séquences comportent beaucoup d’erreurs. Une même séquence peut être lue de très nombreuses fois, et donc les erreurs qui sont surtout aléatoires d’une lecture à l’autre peuvent être corrigées. Les corrections reposent sur des méthodes purement informatiques qui analysent et comparent les séquences lues. Une fois lues, il faut assembler les fragments les uns aux autres. Ce qui dans le cas de répétitions est pratiquement impossible, à moins de pouvoir couvrir – lire – de très grands fragments, ce que permettent ces nouvelles méthodes de séquençage. Ces nouveaux procédés de séquençage sont aussi accompagnés de développements logiciels très importants pour assembler des séquences très semblables.

En outre, les cellules normales contiennent deux copies de génomes – un de la mère, l’autre du père –, ce qui complique beaucoup l’assemblage, surtout des séquences de nature répétée. Les auteurs ont recouru à un môle hydatiforme, une anomalie qui peut se produire lors de la formation de l’embryon. Les cellules ne contiennent alors qu’une copie de génome provenant d’un seul parent. Il n’y a alors aucune variation qui pourrait provenir du génome de l’autre parent.

A.M. : En quoi est-ce important de décoder un génome humain entier ?

J.W. : Ces régions répétées qui représentent globalement 8 % d’un génome n’étaient pas connues en détail. On sait cependant depuis longtemps qu’il y a en gros trois sortes de régions constituées de répétitions à la queue leu leu sur de très longues portions. Il s’agit d’abord des extrémités des chromosomes, les télomères, puis des centromères qui jouent un rôle crucial dans la séparation des chromosomes lors de la division des cellules, et enfin de grandes portions qui portent de très nombreuses copies des gènes des ARN ribosomiques (ARNr) qui constituent l’ossature des ribosomes. Les ribosomes sont les machineries qui fabriquent les protéines dans les cellules.

Ce travail, véritable tour de force expérimental et informatique, permet de répondre à certaines questions qui sont à l’origine du projet, mais il va générer encore plus de questions et d’interrogations. Ce qui est toujours excitant en science.

On avait aussi remarqué que ces régions répétées pouvaient renfermer des gènes codant des protéines, mais personne ne savait combien. Quand vous ne connaissez une île que par son contour et un arbre qui dépasse à l’horizon, vous ne pouvez pas vous empêcher d’aller voir ce qu’elle renferme. Ici, c’est pareil : les gens voulaient savoir avec précision ce que représentent ces 8 % mal connus, c’est de la curiosité avant tout. Ainsi, sur 200 millions de bases séquencées et replacées sur un génome, on dénombre plusieurs milliers de gènes divers représentant une vingtaine de catégories. Ces diverses catégories étaient connues, maintenant on sait aussi où se trouvent tous ces éléments. On a également trouvé environ 150 gènes codant des protéines. Ce sont en général aussi des copies de gènes présents ailleurs dans le génome. Mais on ne sait pratiquement rien sur l’expression de ces nouvelles copies. Comme elles sont redondantes, et donc possiblement superflues, elles pourraient évoluer rapidement et à terme coder pour de nouvelles fonctions – pure hypothèse à ce stade.

Quand vous ne connaissez une île que par son contour et un arbre qui dépasse à l’horizon, vous ne pouvez pas vous empêcher d’aller voir ce qu’elle renferme.

Une autre raison importante de séquencer la totalité était de pouvoir disposer d’une nouvelle référence. La référence utilisée jusqu’à présent est proche de la version publiée par le consortium international public en 2004, qui comprenait encore plusieurs centaines de « trous » de taille mal estimée, version qui était occasionnellement mise à jour. Maintenant, on va disposer d’une nouvelle référence beaucoup plus détaillée. On va changer d’étalon. Mais cet étalon est une séquence particulière. Toutes les autres séquences humaines, de toutes origines, comportent des variations nombreuses, c’est la biodiversité de l’humanité.

À ce stade, on ne peut pas dire s’il sera important de séquencer systématiquement en entier les génomes des individus. De toute manière, les techniques de 2e génération qu’on utilise pour séquencer les génomes produisent les données, les résultats étaient difficiles à exploiter. L’utilisation du nouvel étalon va faciliter cette exploitation. On a cependant l’impression que l’information contenue dans ces 200 millions de bases additionnelles n’est pas primordiale sur le plan médical à ce stade de nos connaissances. Cependant des zones très limitées des 8 % pourraient être ciblées pour répondre à des questions très spécifiques.

A.M. : Quelles sont les prochaines étapes en matière de génomique humaine ?

J.W. : De très nombreuses expériences vont être imaginées pour essayer de mieux cerner l’éventuel rôle des séquences uniques (non répétées) comprises dans ces 8 %. Il y a aussi une importante variabilité dans ces 8 %, et même sur le plan quantitatif : 8 % est une moyenne avec de fortes variations individuelles. On va bien sûr essayer de savoir s’il pourrait y avoir des caractères génétiques associés, et en particulier des pathologies associées. Les hypothèses ne manquent pas. On voudra, bien sûr, aussi comparer les différentes populations humaines, et voir ce qui se passe chez les autres mammifères, le reste du monde vivant. Une fois de plus la biodiversité est au rendez-vous.

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Francis Vladimir

Publié le 9 Juillet 2022 par Bernard Giusti dans Sur la route...

Francis Vladimir

Francis Vladimir, poète, écrivain

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Camille Aubaude, Eric Morin

Publié le 6 Juillet 2022 par Bernard Giusti dans Sur la route...

Camille Aubaude, Eric Morin
Camille Aubaude, Eric Morin

Camille Aubaude, poète, écrivain, dirige La Maison des Pages à Amboise

Eric Morin, photographe

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Danièle Gasiglia, Arnaud Laster, Michel Humbert, Sarah Mostrel

Publié le 2 Juillet 2022 par Bernard Giusti dans Sur la route...

Danièle Gasiglia, Arnaud Laster, Michel Humbert, Sarah Mostrel
Danièle Gasiglia, Arnaud Laster, Michel Humbert, Sarah Mostrel
Danièle Gasiglia, Arnaud Laster, Michel Humbert, Sarah Mostrel

Danièle Gasiglia-Laster et Arnaud Laster, universitaires spécialistes de Victor Hugo, Marcel Proust et Jacques Prévert (volume Prévert dans La Pléiade), dirigent Les Amis de Victor Hugo

Danièle Gasiglia, écrivain, dramaturge

Michel Humbert, écrivain, dirige le Cercle francophone de Yantai, Shandong, Chine

Sarah Mostrel, poète, écrivain, chanteuse, peintre

 

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Les Etrusques - documentaire

Publié le 2 Juillet 2022 par Bernard Giusti dans Anthropologie, Histoire, Vidéos

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Lucien Nosloj et Aglawen Vega

Publié le 24 Juin 2022 par Bernard Giusti dans Sur la route...

24-06-2022

24-06-2022

Lucien Nosloj, écrivain

Aglawen Vega, Secrétaire Générale CGT Cochin

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